Научный подход

Как делается наука в «Кубе»

Один из главных принципов деятельности научно-исследовательского центра компании «Филип Моррис Интернэшнл» (ФМИ) – открытость и прозрачность. Методиками и результатами своих исследований ученые ФМИ делятся с экспертным научным сообществом и регулирующими органами. Они публикуют свои статьи в рецензируемых научных журналах, выступают с докладами на научных конференциях. Результаты всех проводимых в центре исследований, все научные работы, написанные на их основе, публикуются в интернете, в том числе на специально созданных ресурсах.

Все ходы записаны

Научные статьи, написанные сотрудниками «Куба» (научно-исследовательского центра ФМИ в г. Невшатель, Швейцария), публикуются в рецензируемых научных журналах. C 2008 года было опубликовано более 365 статей и глав в монографиях.

Опубликованные статьи доступны на сайте PubMed (общедоступная система поиска по MEDLINE — базе данных биомедицинских научно-исследовательских статей, расположенной на сервере Национальной медицинской библиотеки США).

В зависимости от политики конкретного научного журнала статьи ученых ФМИ доступны целиком или в виде резюме и цитат со ссылкой на соответствующий сайт.

Все методы исследований, проводимых ФМИ, соответствуют международным стандартам GLP (надлежащие лабораторные практики) и GCP (надлежащие клинические практики)

Все клинические исследования компании регистрируются на портале ClinicalTrials.gov.

Кроме того компания ФМИ создала несколько собственных сайтов, ориентированных как на самую широкую аудиторию, так и на представителей профессионального сообщества.

К первой категории относится сайт PMI Science. Информация сайта доступна на 20 языках, в том числе на русском. На нем можно найти ссылки на публикации научных статей ученых «Куба», их выступления и презентации на научных конференциях, описания инновационных продуктов ФМИ. Можно даже совершить виртуальную экскурсию по «Кубу». Сайт постоянно пополняется свежими новостями.

Многоуровневая независимость

В научно-исследовательском центре ФМИ создана система независимой верификации данных научных исследований. Ее можно условно разделить на несколько уровней, которые сотрудники «Куба» называют «уровнями независимости». Так, уже на одном из нижних уровней отчеты с данными исследований отдаются независимым экспертам на проверку. Проверка может быть более глубокой, чем рецензирование в научном журнале.

Следующий уровень — созданная ФМИ онлайн-платформа INTERVALS. Это открытый ресурс, предназначенный для совместной работы и анализа данных со стороны третьих лиц.

Платформа открывает ученым и работникам индустрии доступ к данным исследований (в том числе сырым) и протоколам, по которым они проводились.Такие платформы позволяют проверять исследования на воспроизводимость, а также использовать данные для проверки новых научных гипотез. В совокупности это делает научный процесс прозрачнее и ускоряет проведение новых научных исследований.

Зачем и кому нужна платформа INTERVALS? Вот что говорит Стефани Бу, менеджер по обеспечению научной прозрачности и верификации данных ФМИ: «Мы не можем опубликовать всё. Когда вы публикуете научную статью, то имеете дело с ограничением объема, цифр и объяснений, которые вы можете предоставить. Обычно данные не публикуются вместе со статьей. Нам нужно сделать больше, сделать лучше.

Мы создали платформу INTERVALS, платформу открытости, чтобы открыто поделиться работами, которые проводят наши исследователи. Группы экспертов могут верифицировать нашу научную работу и наши данные.

Наука часто бывает сложной. Знаете, это похоже на кулинарию. У вас есть рецепт. Если вы видите только конечный продукт, то вы не можете по нему восстановить рецепт. Если ученые не будут делиться своими материалами и методами, способами получения данных, будет очень сложно в точности воспроизвести результат. В частности для наших ППР (продуктов с пониженным риском). Не все наши методы общеупотребимы. Требуются правильное оборудование, правильный ученый, правильные методы.

Вот в чем наша цель. В дополнение к результатам мы делимся протоколами, делимся описаниями пошаговой оценки наших продуктов, и мы надеемся, что это поможет научному сообществу воспроизвести наши результаты».

Проверка краудсорсингом

Для того чтобы независимые специалисты могли проверить данные и воспроизвести результаты, полученные в сфере системной биологии учеными «Куба», в 2011 году на базе INTERVALS была запущена краудсорсинговая платформа sbv IMPROVER.«Sbv» в названии платформы расшифровывается как Systems Biology Verification (верификация в системной биологии); IMPROVER — Industrial Methodology for Process Verification in Research (промышленная методология верификации процесса исследований). В исследованиях используется двойной слепой подход. Система оценки определена заранее и всем доступна. Контроль осуществляет независимая экспертная группа, состоящая из профессоров ведущих мировых университетов. Эта группа, получив от ФМИ весь массив данных конкретного исследования, заново проводит все вычисления и анализирует полученный результат, чтобы прийти к собственным выводам.

Платформа sbv IMPROVER работает с 2011 года, за это время на ней было проведено 12 научных соревнований, 25 статей было опубликовано в ведущих мировых журналах, еще 5 статей находятся в процессе подготовки. Для участников регулярно проводятся симпозиумы. Например, в соревновании Diagnostic Signature Challenge участники должны были проверить, можно ли по данным, полученным методами транскриптомики, диагностировать следующие заболевания или прогнозировать их развитие — псориаз, рассеянный склероз, хроническую обструктивную болезнь легких (ХОБЛ) и рак легких.

В ходе соревнования Species Translation Challenge клетки человека и клетки крысы подвергали воздействию одинаковых химикатов и затем измеряли профили экспрессии генов и фосфорилирования белков. Участникам нужно было обработать большой объем данных и определить, можно ли на основе результатов, полученных для одного биологического вида, понять что произойдет с другим.

На 12-ой Международной конференции «Биоинформатика регуляции и структуры генома / системная биология», прошедшей в июле 2020 года в онлайн-режиме, научный сотрудник PMI Science Люсине Хачатрян рассказала об итогах соревнования Metagenomics Diagnosis for IBD Challenge (MEDIC).

Его участники изучали потенциал использования метагеномных данных в диагностике воспалительных заболеваний кишечника. Изучались данные пациентов, болеющих язвенным колитом, и тех, кто страдает болезнью Крона. В качестве контрольной группы использовались данные людей, у которых не были зафиксированы воспалительные процессы в кишечнике. Выводы оказались неоднозначны. Метагеномных данных оказалось достаточно для того, чтобы определить, страдает ли пациент болезнью кишечника. Но однозначно отделить образцы больных колитом от образцов тех, кто страдает болезнью Крона, участникам не удалось. Предположительно следующий этап исследовательской работы будет связан с изучением дифференцирующих свойств метагеномных данных — для обеспечения более точной диагностики.

Кроме того, что результаты всех научных работ ФМИ доступны для независимой проверки, есть еще один уровень независимости — исследования, инициируемые и проводимые третьими сторонами. Независимые ученые, заинтересованные в том, чтобы изучить электрические системы нагревания табака (ЭСНТ), могут получить от компании сам продукт. При этом все работы они могут проводить в соответствии со своим научным протоколом, отвечая и за результаты этих работ, и за публикацию результатов. ФМИ не вмешивается в этот процесс. Открытость и прозрачность — значит открытость и прозрачность без исключений.